กรมควบคุมโรค ได้มีคำสั่งที่ 514/2552 สั่ง ณ วันที่ 3 กรกฎาคม 2552 ให้จัดตั้งสำนักควบคุมการบริโภคยาสูบ เป็นหน่วยงานภายในเทียบเท่ากอง/สำนัก ในปี 2552 ได้แบ่งโครงสร้างเพื่อรองรับการดำเนินงานของสำนักควบคุมการบริโภคยาสูบตามลักษณะการดำเนินงาน โดยแบ่งโครงสร้างเป็น 5 กลุ่ม 1 ฝ่าย ได้แก่ กลุ่มส่งเสริมสนับสนุนวิชาการ กลุ่มพัฒนาและบังคับใช้กฎหมาย กลุ่มเฝ้าระวังการละเมิดกฎหมาย กลุ่มพัฒนาวิชาการ กลุ่มสื่อสารสาธารณะและเครือข่าย และฝ่ายบริหารงานทั่วไป ดังแผนภูมิที่ 1 และด้วยข้อจำกัดด้านจำนวนบุคลากรน้อย และมีการลาออกบ่อย รวมทั้งภาระงานที่เป็นเนื้องานเดียวกันจึงได้มีการรวมกลุ่มงานใหม่ ดังแผนภูมิที่ 2 โครงสร้างที่เป็นทางการ และแผนภูมิที่ 3 โครงสร้าง (ที่ขอจัดตั้งตามกฎกระทรวงว่าด้วยการแบ่งส่วนราชการ)